Fauna y vegetación

En la Reserva de la Biosfera de Urdaibai destacan dos áreas: Los montes con sus cimas y laderas; y el estuario con una extensa zona de contacto con el mar.
Es entre estas dos áreas que se dan cita numerosos ecosistemas y que agrupan comunidades particulares de fauna y vegetación con especies muy relevantes.
En el interior dominan las plantaciones de coníferas y eucaliptos. En las cabeceras del valle y sobre las laderas más inaccesibles se pueden encontrar algunos bosques residuales donde quedan restos de lo que fue la cubierta vegetal predominante: Bosques de robles y otras especies caducifolias. Existen restos de bosques húmedos en galería siguiendo el cauce de algunos arroyos. Aquí son típicos el aliso, el sauce, cornejo, majuelo. En las laderas calizas, de pendientes pronunciadas domina el encinar que es una de las masas mejor conservadas de Urdaibai. El encinar de Urdaibai es un bosque aclarado con abundante matorral donde predomina el madroño con el labiérnago negro, el aladierno, el laurel o el rusco. En esta zona se hallan los grandes mamíferos de especies protegidas como el visón europeo, el lirón gris, el turón o el gato montés. Por otro lado están el jabalí, el corzo, el zorro, la garduña, la comadreja y la jineta.
Continuando valle abajo, en la zona media, nos encontramos con la vega fértil de Urdaibai donde se encuentra la campiña atlántica: Presenta gran diversidad ecológica debido a la alternancia de pequeñas masas forestales y landas con prados y cultivos. En esta zona nos encontramos con los micro mamíferos como las musarañas, ratilla agreste y el topillo rojo, que son especies forestales; el topo y el topillo son de hábitos subterráneos y las ratas y ratones están ligados a lugares mas humanizados.
En el borde de las regatas se hallan los musgaños y las ratas de agua. Los saurios están también ligados a esta zona como el lagarto verdinegro, lagarto verde, lagartija de turbera, lagartija ibérica, lagartija roquera y el lución.
En la marisma, hay un elevado grado de diversidad y rareza de especies no en vano es la zona húmeda más importante de todo el País Vasco.
En la zona de humedal junto a los meandros del antiguo cauce del río crecen los juncos y carrizos. Entre los meandros y el canal crece una vegetación palustre, un carrizal rodeado de sauces y alisos (Hábitat muy escaso en toda la costa cantábrica).
Junto a los arenales destacan los juncales y extensas llanuras de limos negros. En cuanto a la fauna son habituales los anfibios como la salamandra, el tritón palmeado, el jaspeado, el sapo partero, sapo común, ranita de San Antonio, rana patilarga, rana bermeja y la común.
Además la marisma debido a las influencias de las aguas marinas, de los ríos y de las aguas subterráneas se convierte en una zona valiosísima para las aves. Destacan entre otras especies; la espátula, avería, garza real, ánsar común, charranes, gaviotas, águila pescadora etc... En el litoral y sobre todo los acantilados son los lugares preferidos de muchas aves para la cría como el cernícalo, la lechuza, la gaviota patiamarilla, el paino común y el cormorán. Ya en la línea de costa se encuentran: Las Landas costeras compuestas por brezales, argomales y helechales que ocasionalmente dan pasó al encinar y al robledal.
Arenales costeros donde las plantas presentes son únicas y soportan condiciones ambientales extremas como la amofila de las dunas, corregüela marítima, elymus farctus, azucena de mar etc. La fauna es muy escasa.